Com o mediatismo e imensa polémica primeiro em torno do acordo MIT-Portugal e agora mais recentemente com o novo regime jurídico do ensino superior português, Mariano Gago tem provado que não gagueja no que diz respeito à visão que tem do futuro académico português e tem empunhado, com o estandarte da modernização e adaptação às novas realidades, muito ao estilo do governo de que faz parte, uma espada contra os fortes interesses instituídos na academia portuguesa.
Outro ponto extremamente polémico na gestão de Gago, tem sido o favoritismo que tem concedido à sua casa-mãe, o Instituto Superior Técnico ou simplesmente IST. Os turbilhões no acordo MIT-Portugal somados agora ao encaixe perfeito do novo regime jurídico às necessidades do IST de acordo com a visão do seu colega do Departamento de Física do IST, o Professor Carlos Matos Ferreira, actual presidente do IST, parecem não deixar dúvidas relativamente às motivações de Gago ou pelo menos parte delas.
